El 4 de agosto en su debut en Liga marca gol en la victoria 3 a 2 sobre el Tolouse remontando un 1-2, para la segunda fecha de la Ligue 1 marca su primer triplete de la temporada en la goleada 4 por 1 en su visita al Dijon FC haciendo su segundo hat-trick con el club. El primer color tradicional del uniforme de El Salvador es azul con ribete blanco, siendo su segundo uniforme blanco con ribete azul. Así mismo, se encontraban a bordo 73 pasajeros; dentro de los que se encontraba un técnico, un despachador de la compañía, y un piloto que ocupó el asiento del observador en la cabina de mando». El 1 de noviembre, cuando el Atlético Nacional volvía de jugar ante Cerro Porteño en Asunción, Ricardo Albacete, uno de los dueños del avión, «se negó a hacer el depósito para pagar esa compra de combustible, por lo cual los mismos jugadores del equipo colombiano a bordo efectuaron una colecta para recaudar los 3.000 dólares que era el precio de ese combustible adicional». Los equipos de fútbol le pagaban a LaMia aproximadamente 100 000 dólares por vuelo chárter.
De acuerdo al informe preliminar de la investigación colombiana, tenía aproximadamente 6 700 horas de vuelo, casi la mitad de las cuales adquirió volando para LaMia. Se estrelló el 28 de noviembre de 2016 a las 22:15 aproximadamente hora local (UTC-5:00). Croacia (local) Un fan favourite que no pasa de moda. El 6 de junio de 2011 fue convocado por el técnico Hernán Darío Gómez para jugar en la Copa América 2011 que se realizó en Argentina. Vuelve a jugar el 25 de enero después de ocho meses un partido en los cuartos de final de la Copa Italia en la derrota 2-1 contra la Juventus FC. Gracias a sus excelentes participaciones en el Udinese Calcio, sería convocado para jugar con la Selección colombiana en las Eliminatorias al Mundial Sudáfrica 2010. Jugando en las eliminatorias, sufrió una lesión contra Perú que le costó quedarse afuera de las canchas por 3 meses.
Él anotó a los 39 minutos, dando una primera mitad aventajada de 1-0, jugó los 90 minutos del partido que terminaría en empate 2-2. Santa Cruz de nuevo estuvo en el siguiente parido de la fase de grupos de contra España el 7 de junio. El 6 de julio de 2011, durante la Copa América 2011, se confirmó su traspaso, por cinco años, al Villarreal Club de Fútbol, equipo de la Primera División de España .El costo del traspaso fue de 7 millones de euros, luego de que el Udinese bajara sus pretensiones económicas por el jugador. Al final de la temporada, el equipo consumó su descenso a la Segunda división y Zapata es cedido al AC Milan de Italia con opción de compra. A su regreso, en la temporada 2009/2010 el colombiano tendría una magnífica temporada, pasando las 100 presencias con la camiseta «bianconera» y volviéndose un titular indiscutido en el equipo.
En la temporada 2010/2011, el Villareal CF llegaría a un acuerdo con el Udinese por el traspaso del colombiano a la Liga española. En esta edición se dieron tres nuevas circunstancias: la participación de dos selecciones alemanas, la Alemania Federal y la Alemania Democrática, la participación de la tercera selección africana en manos de Zaire tras la participación egipcia en 1934 y la participación de Marruecos en México 1970 y la aparición por primera vez la actual versión del Trofeo de la Copa Mundial de Fútbol. Santa Cruz anotó su primer gol en la liga de la temporada en un 1-1 contra Las Palmas el 10 de enero de 2016. Fue su cuarta aparición en la Liga y la primera vez que estaría en el once inicial en un partido de liga. ↑ «Cristian Zapata ‘salvador’: anotó gol del 2-2 del Milan frente a Inter». Antes del accidente solo tenía 12 empleados.